1.大细胞神经内分泌癌：

基底细胞样鳞癌可具有菊型团，应和大细胞神经内分泌癌鉴别。基底样鳞状细胞癌弥漫性强表达细胞角蛋白、P40、P63等，而大细胞神经内分泌癌常弱表达细胞角蛋白，不表达P40、P63等；相反大细胞神经内分泌癌常弥漫性表达神经内分泌标记和TTF1，而基底细胞鳞状状细胞癌则不表达神经内分泌标记（CD56除外）及TTF1。

2.小细胞癌：

一些基底细胞样鳞癌细胞可以很小，很像小细胞癌。细胞黏附性好，核碎片少，局灶鳞状分化，无核固缩样核染色，缺乏菊型团及核拥挤等支持基底样鳞状细胞癌；另外，细胞体积更小，核浆比例高、无核仁等也更支持基底样鳞状细胞癌。基底样鳞状细胞癌弥漫性强表达细胞角蛋白、P40、P63等，而小细胞癌常弱表达细胞角蛋白（点状），不表达P40、P63等; 相反小细胞癌常弥漫性表达神经内分泌标记和TTF1，而基底细胞鳞状状细胞癌则不表达神经内分泌标记（CD56除外）及TTF1。

3.肺腺样囊性癌：CD117阳性、肌上皮标记SMA阳性及MYB基因异位（FISH）等有助于腺样囊性癌与基底样鳞状细胞癌鉴别。

4.NUT癌：鉴别困难，都可有鳞癌分化，NUT免疫组化染色有助于鉴别诊断。

5.低分化鳞状细胞癌：栅栏状结构有助于与低分化鳞状细胞癌鉴别。

6.低分化腺癌：P40、P63常阴性；TTF1、Napsin A、CK7常阳性可与基底样鳞状细胞癌鉴别。